方济各会一直留在官方教会,从中分裂出来的“精神方济各会”(Spiritual Franciscans)却遭遇了厄运。这一派奉菲奥里的乔阿克(Joachim of Fiore,1145-1202)为教主,他受方济各的启发,对圣经作了不同于正宗的解释:《旧约》昭示的是“圣父时代”,《新约》昭示的是“圣子时代”,然后是更高阶段的“圣灵时代”,某些现象将出乎基督的预言之外。圣父时代“以眼还眼,以牙还牙”的复仇原则,已经让位于圣子时代“别人打你右脸,凑上你的左脸”的忍让原则,因此,圣子时代将同样让位于一个崭新的时代----人们将平等、互爱地过一种集体生活的新纪元,教会应当彻底净化,僧侣应当成为其中的理想公民。这是一种最终实现大同世界的理想蓝图。十四世纪的方济各会背弃了原初的清贫乐道守则,他们虽然不容许信徒个人贪图财产,却认为方济各会总会应当拥有财产,为敛财寻找理论依据。乔阿克的门徒激烈反对这种对“原教旨”的曲解,另立精神方济各会,他们真诚地信奉基督。同时,一个甘于贫困的教派,自然对教会制度及其僧侣的腐败生活,日益感到不满而予以激烈抨击,他们认为,要说邪教,天主教会就是真正的邪教,这样一来,自然遭到残酷迫害。因此,究竟谁是邪教,往往是一种势力的较量,结果,如经济领域的“劣币驱逐良币”的原则,或如历史学家吉朋所言,“邪教总是安在少数派头上”。从上述中世纪的主要邪教教派来看,其开宗立派者及其信徒,有时是比正宗更正宗更纯洁的虔诚的耶教信徒。他们大多是穷人,穷则思共产主义--一种原始的乌托邦共产主义,同样导源于耶苏教义。二十世纪的《天主教百科全书》(1910)在其“共产主义”条目中,仍然把原始共产主义,包括净化派和使徒同宗会等社团指为邪教:“在中世纪,好几个邪教派系均主张共产主义并在各种不同的程度上进行实践。在这方面,他们公开模仿原始基督教的范例。因此,他们的共产主义,类似于修道会的形式,不是经济上的而是宗教性的共产主义。另一方面,这些宗教社团的动机,是基督的追求完美的意向。”这些追求共产主义的宗教信徒,尽管他们掌权之后同样很可能会迅速变质腐败,会同样把别的教派指为邪教,但是,他们在追求理想的抗争过程中,却表现了人性的美好的一面。爱因斯坦在《宗教与科学》(1930)一文中说:“正是在每一个时代的邪教徒中,我们发现了充满最高善的宗教情感的人们,在许多情况下,他们被同时代的人视为无神论者,但有时也被视为圣徒。”