天主教会在这个问题上的对策就是宗教裁判所,它于1184年由教宗路西伍三世(Pope Lucius III)始创。它的创设是基于这样一种需要,即让被指控的异端分子得到公平的审判,这样的审判由知识丰富的法官主持,并按照证据法的原则行事。在世俗统治者眼中,异端分子背叛了上帝和国王,因此死不足惜;而在教会看来,异端分子只是离群的迷途羔羊。作为上主的牧羊人,教宗和主教们有责任按照耶稣基督的教导来把他们带入正途。这样,中世纪的世俗领袖们汲汲于捍卫自己的王国,而教会则在努力拯救灵魂。宗教裁判所为异端分子提供了一种逃脱死刑并重返社群的方法。正如这份新报告所确认的那样,大多数被宗教裁判所控为异端的人都得到了缓刑或是无罪开释的结果,那些被认定犯有重罪的人也可以有忏悔、苦修并重返教会的机会。宗教裁判所背后有这样一个假定,那就是异端分子只不过是走错了路的迷途羔羊。但是,一旦审判官确定某只羊的离群是出于故意,宗教裁判所就别无选择了。不知悔改和顽固不化的异端分子将被逐出教会并交由世俗统治者处理。把异端定为死罪的是世俗统治者,不是教会。火烧异端是国王统治的需要。1220-1235年间,神圣罗马(以德国为主体,另外包括意大利的北部、捷克、奥地利、现今波兰的一部分)帝国的皇帝腓特烈第二(Frederick Ⅱ)施行许多律例,规定凡异教徒均为犯法者,若不悔罪归正,即处以火刑,悔罪者亦加以监禁,如再背教,则处以死刑。事实上,中世纪的宗教裁判所拯救了无数无辜(甚至是不那么无辜)的人,而那些人本来可能会成为世俗领主或是暴民统治的牺牲品。